Projekt finansowany przez: Narodowe Centrum Nauki w ramach konkursu Miniatura 3

Numer projektu: 2019/03/X/NZ2/00770

Kierownik projektu: dr n. roln. Anna Skorczyk-Werner

Czas trwania projektu: od 2019-12-04 do 2020-12-04

Wrodzona ślepota Lebera (ang. LCA - Leber Congenital Amaurosis) należy do grupy dystrofii siatkówki i jest najwcześniej ujawniającą się i najpoważniejszą formą dziedzicznej ślepoty u dzieci. Choroba występuje z częstością około 1 na 30 000 urodzeń i zazwyczaj dziedziczy się autosomalnie recesywnie. Według najnowszego piśmiennictwa za patogenezę LCA odpowiadają mutacje w jednym z 26 genów. Grupę badaną stanowić będzie 21 pacjentów z LCA z populacji polskiej, głównie dzieci. Będą to pacjenci, u których wykonane wcześniej badanie z wykorzystaniem mikromacierzy SNP (ang. Single Nucleotide Polymorphism) typu APEX (najnowsza wersja mikromacierzy obejmowała 780 znanych mutacji w 15 genach związanych z LCA) nie doprowadziły do identyfikacji wariantów patogennych, albo pozwoliły na identyfikację zmiany tylko na jednym allelu. Badaniami będą objęci również pacjenci, u których nie były przeprowadzone dotąd żadne badania molekularne. Celem projektu jest określenie nieopisywanego dotąd w piśmiennictwie podłoża molekularnego wrodzonej ślepoty Lebera u polskich pacjentów, zwłaszcza poszukiwanie nowych wariantów genów, a także poprawa poradnictwa genetycznego w rodzinach obciążonych występowaniem tej choroby. Ze względu na istniejącą od niedawna możliwość leczenia LCA metodą terapii genowej u pacjentów z mutacjami w genie RPE65 i w związku z prowadzonymi próbami klinicznymi w celu opracowania podobnej terapii w odniesieniu do dwóch innych genów (CEP290, GUCY2D), ustalenie podłoża molekularnego choroby może dać szansę na skuteczne leczenie części pacjentów z wrodzoną ślepotą Lebera. W celu wykonania badania molekularnego wymagane jest jednorazowe pobranie krwi od pacjenta i jego rodziców. Z pobranej krwi wyizolowany zostanie kwas deoksyrybonukleinowy (DNA). DNA pacjentów będzie badany metodą sekwencjonowania nowej generacji całego eksomu (ang. WES – Whole Exome Sequencing). Metoda sekwencjonowania całego eksomu wybrana została m.in. ze względu na jej obecnie niższy koszt niż sekwencjonowanie nowej generacji tzw. paneli wybranych genów związanych z LCA. Ponadto u pacjentów, u których analiza bioinformatyczna 26 genów związanych z LCA nie pozwoli na identyfikację zmian potencjalnie patogennych, analiza poszerzona zostanie o pozostałe znane geny powiązane z dziedzicznymi dystrofiami siatkówki (łącznie 384 geny). U pacjentów o nadal niewyjaśnionym podłożu choroby, wykonana będzie analiza wszystkich genów w genomie człowieka, co może pozwolić na identyfikację nowych genów, których warianty nie były dotąd opisywane u pacjentów z wrodzoną ślepotą Lebera. Potwierdzenie obecności zidentyfikowanych metodą WES potencjalnie patogennych wariantów i ich segregacja w rodzinie będą prowadzone metodą sekwencjonowania Sangera fragmentów genów obejmujących te zmiany u pacjenta i u jego rodziców. U pacjentów, u których nie uda się znaleźć zmian potencjalnie patogennych w analizowanych genach oraz u tych, u których zidentyfikowany zostanie wariant tylko na jednym allelu podjęta zostanie próba analizy danych z sekwencjonowania całoeksomowego celem identyfikacji większych delecji/duplikacji np. całych eksonów.

Publikacje powstałe w wyniku  realizacji projektu:

Skorczyk-Werner A, Niedziela Z, Stopa M, Krawczyński MR. Novel gene variants in Polish patients with Leber congenital amaurosis (LCA). Orphanet J Rare Dis. 2020 Dec 11;15(1):345. doi: 10.1186/s13023-020-01634-y.